1864 m. buvo įsteigta pradžios mokykla su dėstomąja rusų kalba.
1921-1922 m. veikia pilna dvikomplektė pradinė mokykla, kurioje dirbo du mokytojai,
1937 m. buvo atidarytas trečias komplektas.
1939 m. veikė šešių skyrių pradinė mokykla. Vedėjas – A. Maldutis.
1944-1945 m. reorganizuota į progimnaziją. Jos direktoriumi paskirtas Jonas Jurkūnas.
1949 m. įkurta mokyklos biblioteka.
1949-1950 m. mokykla performuota į septynmetę mokyklą, buvo septyni skyriai.
1957-1958 m. mokykla tapo vidurine.
2009-08-31 uždaromas Pageležių pradinio ugdymo skyrius.
2010 m. išleista 50-oji abiturientų laida.
2012-09-01 Sližių pradinio ugdymo skyrius uždaromas dėl mažo mokinių skaičiaus. Visi skyriaus mokiniai pereina mokytos į Veprių vidurinę mokyklą.
2012 m. rugsėjo 1 d. Veprių ikimokyklinio ugdymo skyrius perkeliams iš avarinės būklės pirties mansardos patalpų į renovuotų Veprių kaimo bendruomenės namų patalpas.
2014 m. valstybinių brandos egzaminų sesijoje 12 kl. mokinys Lukas Aliuškevičius gavo 100 balų įvertinimą.
2014 m. pirmą kartą (po mokyklos pastatymo 1967 m.) atlikta pastato sienų ir stogo renovacija.
2014 m. įvedamas elektroninis dienynas.
2015 m. rugsėjo 1 d. Veprių vidurinė mokykla dėl per mažo mokinių skaičiaus pertvarkyta į dešimtmetę – Veprių pagrindinę mokyklą.
2020 m. rugsėjo 1 d., įgyvendinus mokyklos vidaus struktūros pertvarką, prie mokyklos prijungiama Veprių stovykla. Pasikeitė mokyklos pavadinimas – Veprių mokykla-daugiafunkcis centras.
Mokyklai – daugiafunkciam centrui pradėjo vadovauti direktorė Ramutė Liubomirskienė.
Mokyklai daugiafunkciam centrui priklauso Veprių ir Sližių ikimokyklinio ugdymo skyriai, Veprių stovykla.